La présence de milieux diversifiés permet de conserver une richesse floristique et faunistique importante et des espèces rares et protégées au niveau européen. La zone humide de Magoar Penvern offre une exceptionnelle diversité d'insectes et d'invertébrés ainsi que des espèces végétales remarquables.

Depuis les années 1960, les nombreux drainages, plantations de résineux et peupliers, recalibrage des cours d'eau, abandon des prairies ont modifié cette nature qui avait évolué doucement avec l'homme depuis plusieurs milliers d'années. Sans la fauche, le pâturage, le bûcheronnage ou encore la restauration hydrologique du site, nombre d'espèces rares auraient disparu avec la progression des habitats boisés et l'assèchement du milieu.